Il percorso museale si sviluppa a cominciare dalle sale del primo piano che, dopo la dismissione degli usi militari della rocca, furono adibite a funzioni abitative. L’evoluzione dell’insediamento antico nell’area bagnarese, le caratteristiche del popolamento, le diverse tipologie costruttive avvicendatesi nel tempo sono analizzate e descritte sino alle soglie dell’Età Moderna, attraverso una serie di materiali archeologici che afferiscono al Neolitico, all’età del Bronzo, al periodo romano e al lungo periodo fra il tardoantico e l’Alto medioevo. Alla fine dell’Alto Medioevo, tra X e XI secolo, in coincidenza con la nascita di numerosi castelli, il territorio della Pianura padana è punteggiato da villaggi fortificati, composti da edifici in legno protetti da fossati e palizzate. I loro resti sono indiziati da rialzi artificiali di terreno, conosciuti con il nome di “motte”, che si ergono con debole rilievo sulle superfici agricole. Grazie ad informazioni, immagini e reperti si rivisita la nascita di Bagnara, risalente con certezza alla motta dei Prati di Sant’Andrea. Indagato con scavi regolari dal 2005, questo sito costituisce appunto il luogo di origine della più antica comunità di Bagnara e deve aver rappresentato il centro altomedievale e medievale più importante del territorio. Durante la prima fase di vita, un fossato rinforzato da grossi pali in legno difendeva l’abitato, esteso per circa 6900 mq. d’estensione., che includeva abitazioni lignee e piccole botteghe artigianali, per la lavorazione del metallo, del vetro e della ceramica, che provvedevano al fabbisogno di strumenti, attrezzi e suppellettili degli abitanti.
Una piccola sezione numismatica è dedicata anche ai cospicui ritrovamenti monetali conseguiti sia attraverso rinvenimenti fortuiti, sia grazie a prospezioni programmate e indagini archeologiche vere e proprie. Una campionatura di esemplari, assai variati tipologicamente,documenta le molteplici fasi di insediamento in un arco temporale che dagli esordi del dominio romano, attraverso il medioevo e le età successive sino al prevalere dello Stato Pontificio, giunge infine all’Unità d’Italia.

Imboccati, a partire da settentrione, gli eleganti loggiati costruiti sulle cortine murarie si accede direttamente al mastio, ove si snoda il secondo itinerario museale che ripercorre per intero la storia del castello di Bagnara, vale a dire l’intero sistema difensivo imperniato sulla maestosa rocca, la cinta muraria, la porta civica, i terragli. Salendo la magnifica scala a chiocciola, realizzata in monoliti arenaria, si visitano accompagnati dagli operatori museali i diversi piani del mastio, uno dei quali fu anche adibito a carcere, e si giunge alla terrazza panoramica che domina la campagna circostante.
Dalla corte si ha anche accesso al sotterraneo, un ampio e suggestivo ambiente voltato, sottostante le sale del palazzo, al cui fondo si apre un’area archeologica. Qui sono stati messi in in luce un elemento murario riferibile alla prima fase di edificazione della fortezza e due cavità a copertura voltata per la raccolta dell’acqua piovana, successivamente riutilizzate come discarica di rifiuti. Da tali immondezzai provengono gli oggetti per la mensa e la cucina esposti nella vetrina databili al XVI secolo. Un’altra indagine condotta nell’area del fossato ha consentito di recuperare calici e bicchieri in vetro del medesimo periodo.
Risalendo la scalinata sulla destra della corte, si raggiunge la sala ricavata dalla copertura del torrione visconteo per visitare una piccola ma interessante collezione storico-artistica. comprendente una terracotta maiolicata del 1770 e alcuni dipinti di scuola emiliana risalenti al XVI, XVII e XVIII sec.
Un ambiente particolare e ricco di fascino ubicato ella più alta casamatta del mastio ospita un approfondimento su due figure che emergono particolarmente nella storia bagnarese e fra coloro che estesero il loro dominio sulla rocca: Caterina Sforza, Signora di Imola e Forlì, e Giovanni Maria Mastai Ferretti, vescovo di Imola e futuro papa Pio IX. Attraverso immagini, touch screen e video è stato creato uno spaccato della vita bagnarese nell'arco di circa quattro secoli. Al centro dell'ambiente circolare si colloca, per opera dell'artista Paolo Arnò, una statua in cartapesta con le fattezze della “Tygre di Romagna”, Caterina Sforza, che indossa una ricostruzione dell'abito descritto minuziosamente dalle fonti in occasione della sua prima sosta ad Imola nel 1477.
Nell'ultimo livello del mastio installazioni multimediali e una selezione di fonti documentarie, in gran parte tratte dall'Archivio Storico comunale, insieme a oggetti rappresentativi di diversi momenti e diversi contesti della vita bagnarese daranno vita a un racconto che compendia gli elementi fondamentali di una comunità in trasformazione: il periodo immediatamente successivo all'Unificazione, caratterizzato dai nuovi compiti dei Comuni tra cui la lotta all'analfabetismo e l'organizzazione dell'istruzione; la prima metà del Novecento segnato dai due conflitti mondiali, dai sacrifici dei bagnaresi, dai rastrellamenti, dai bombardamenti, dalla perdita di vite umane; la ripresa di Bagnara nel periodo postbellico, l'irrompere della modernità e della tecnologia, la nascita di aziende artigiane e realtà industriali competitive.