Nel Duomo in certi periodi esistette anche un secondo organo. Nel 1635 la confraternita del Rosario teneva un proprio strumento nella seconda cappella (a partire dalla porta maggiore) sotto la navata laterale dal lato del Vangelo. Nel 1823 il mirandolese Giacinto Paltrinieri, parlando dell'organo grande lo definiva "organo di porta", probabilmente in implicita contrapposizione ad un secondo strumento esistente nella chiesa. Sappiamo anche che nel 1867 il prevosto don Riccardo Adani possedeva un organo positivo, ceduto in prestito alla chiesa del Gesù, ed in precedenza molto probabilmente utilizzato nella Collegiata.
L'organo, smontato, privato di parte del materiale, attaccato dai tarli e consunto nelle pelli, è in condizioni di inefficienza.
Il presente restauro, attraverso un'analisi comparata e filologica dei documenti storici (epigrafici, archivistici, bibliografici, fotografici et cetera) e delle parti dello strumento, sarà finalizzato a recuperare le antiche, caratterizzazioni sonore e strutturali, a documentare ciò con i rilievi più significativi (descrittivi, mensurali, grafici, inventariali, fotografici) e a riportare il manufatto alla migliore efficienza.
Cassa: restauro delle parti antiche superstiti con ricostruzione secondo forme Montesanti, in abete rosso e pioppo nero massiccio, delle parti mancanti conprese le cornici ed esclusi gli intagli.
Tastiera: ricostruzione con materiali e forme Montesanti.
Pedaliera: ricostruzione con materiali e forme Montesanti.
Registriera: ricostruzione con materiali e forme Montesanti.
Meccaniche: ricostruzione con materiali e forme Montesanti.
Somieri: restauro del somiere maestro con eliminazione trasuoni mediante rettifica dei piani con carteggiatura manuale limitatamente al necessario; ricostruzione secondo modelli Montesanti di quelli per il Contrabbasso e i Timballi; ricostruzione secondo modelli Comencini di quello del Trombone al pedale.
Crivello: ricostruzione in abete foderato di carta sopra e sotto.
Manticeria: ricostruzione di tre mantici a cuneo con corde e carrucole secondo modelli Montesanti; applicazione di nuovo elettroventilatore silenzioso con portata e pressione proporzionata allo strumento; costruzione di flangia, valvola autoregolante a tendina, condotti ai mantici da alimentare, impiegando esclusivamente legno massiccio e pelle ovina.
Canne metalliche: pulitura da polvere, detriti e incrostazioni con mezzi meccanici e con lavaggio in acqua, rispettando l'antica patina d'ossidazione; rimessa nella forma geometrica originale mediante battitura con forme lignee adatte; ricostruzione delle canne di facciata e delle altre interne mancanti con lega e misure analoghe alle originali. '
Accordatura: in tondo, dopo controllo dell'intonazione "a bocca" e"a vento", rispettando gli antichi coristi e temperamento rilevabili dalle canne maggiormente integre.